Compras pela Internet, PNs diferentes

Boa tarde pessoal,

Alguém sabe de um jeito fácil de resolver o caso abaixo, sem ter que cancelar tudo e começar tudo de novo (valores fictícios, mas aconteceu realmente).

1) Entrei no site de uma loja de informática, coloquei 3 itens no carrinho de compras e finalizei a compra

2) O Boleto foi gerado para a matriz dessa loja, total: 300,00 reais (PN X)

3) Fizemos o pedido de compra com os 3 itens para a loja, e fizemos um adiantamento anexado neste pedido (PN X)

4) Chegou uma nota (PN X), mas com um único produto, lançamos a nota.

5) Agora chegou outra nota e,, surpresa, veio de outro CNPJ, veio da Filial lá do norte no país (PN Y), e agora?? como lançar essa nota do PN Y baixando o pedido que já foi feito adiantamento do PN X?

Isso acontece quando compramos em várias lojas online, nunca sabemos de onde virá a mercadoria,

Estou usando Pedido de Compra --> Adiantamento --> Nota de Entrada.

(tem um jeito, eu cancelar tudo, o adiantamento, o pedido, e gerar tudo separado, mas da trabalho né, diretor tem que autorizar o pedido de compra novamente, financeiro tem que estornar pagamento, e perder tempo explicando tudo isso por que compramos pela internet).

Abraço

Fabio.